Un jour, Jérémie entra dans une usine désaffectée dans le but de trouver des pièces pour finir ses robots.
Il entre dans l'usine, prend le monte-charge et descend, quelques étages plus bas.
Là, il trouve une tour gigantesque, qu'il prend le risque de rallumer.
Il remonte quelques étages et découvre un ordinateur surpuissant, habité par une jeune "humainoïde" qu'il baptise Maya. Il en parle à un garçon, Ulrich Stern, qui va le prendre pour un fou, mais le croire après avoir vu le Supercalculateur. Ulrich Stern traîne d'ailleurs avec la fille du proviseur, Elisabeth Delmas -appelée Sissi, qui rentre dans la bande.
Mais Jérémie découvre l'existance des scanners, des espèces de sarcophages métaliques permettant d'entrer sur Lyoko grâce à la Virtualisation. Ils décident de choisir comme cobaye le chien d'une de leur connaissance, Odd Della Robia, un garçon un peu excentrique, vu sa façon de s'habiller. Ils kidnappent le chien pendant la nuit, mais réveillent Odd sans faire exprès. Odd les suit et récupère son chien dans les scanners.
Mais Kiwi -le chien d'Odd- va s'échapper de ses bras et condamner son maître à une virtualisation forcée.
Odd se retrouve alors sur Lyoko, déguisé en chat violet. Jéremie, soulagé de savoir qu'il n'y a pas de risque à la virtualisation, ramène Odd et le prennent dans la bande...
Ce qu'il ne savaient pas, c'est qu'un logiciel malveillant, XANA a pris possession du Supercalculateur et veux détruire le monde. Ulrich rencontra Yumi Ishiyama, une jeune japonaise douée en arts martiaux, qu'il emmène à l'usine. Elle va rentrer dans la bande et aider les autres à contrer XANA. Ils découvrent que XANA doit activer des tours de Lyoko pour accéder au monde des humains. Pour l'arrêter dans son attaque, il suffit de désactiver la tour et le monde n'est plus en danger... jusqu'à la prochaine attaque.
Note De La Rédac : Sissi va se faire virer de la bande après avoir réveler le secret à son père ; Ulrich va tomber amoureux de Yumi (YES !) ; Hervé Pichon -un des deux toutous de Sissi- est le concurrant de Jérémie dans la bataille de "Qui est le plus intelligent" ; Maya va découvrir son vrai nom dans la tour : Aelita ; Jérémie découvre qu'Aelita peut revenir sur Terre, mais il ne sait pas comment.
C'est tout, pour le moment...
